تقریبا تمام سنگ های قیمتی مواد معدنی با ساختار کریستالی هستند. با این حال، برخی از گوهرها واقعاً سنگ یا کانی نیستند. بلکه منشا آنها ارگانیک است. این بدان معنی است که آنها از فرآیندهای بیولوژیکی، چه حیوانی و چه گیاهی تشکیل شده اند. معمولاً چند دسته از گوهرهای ارگانیک وجود دارد که به دلیل جذابیت طبیعی و نادر بودن مورد توجه قرار می گیرند. اگرچه آنها به سختی سنگ های قیمتی ساخته شده از کانی های معدنی نیستند. این گوهرهای ارگانیک عبارتند از کهربا، مرجان، شبق ، مروارید ، صدف آبالون و.. . برخی از گوهرهای ارگانیک دیگر نیز به مرور زمان فسیلی شده و معمولا مواد سیلیسی جایگزین آنها می شود که بعد از تراش مورد استفاده قرار می گیرند.